هیستون خوان های MLLT1 و MLLT3 AID را متمرکز می کنند تا اختصاصیت جایگاه را ایجاد کنند

دآمیناز ناشی از فعال سازی (AID) باعث ایجاد تنوع آنتی بادی از طریق نوترکیبی سوئیچ کلاس و هیپرجهش سوماتیک ژن های ایمونوگلوبولین (Ig) می شود، اما فعالیت جهش زایی خارج از هدف آن به لنفوم سلول B کمک می کند 1، 2، 3، 4، 5. نحوه جهش انتخابی AID در جایگاه های Ig و مجموعه محدودی از ژن های دیگر ناشناخته باقی مانده است. رونویسی برای فعالیت AID مورد نیاز است، اما بیشتر ژن های رونویسی شده جهش پیدا نمی کنند 1، 5، 6، 7، و AID جایگاه های بیشتری را نسبت به جهش های 7، 8، 9 اشغال می کند.

در اینجا ما خوانندگان هیستون پیچیده فوق افزایش طول MLLT1 و MLLT3 را به عنوان عوامل تعیین کننده فعالیت انتخابی AID شناسایی می کنیم. از دست دادن ترکیبی MLLT1 و MLLT3 تمام فرآیندهای جهش زایی وابسته به AID را لغو می کند و کمبود AID را خلاصه می کند. مناطق ژنومی جهش یافته AID در سلول های B موش و انسان دقیقا با اشغال MLLT1 و MLLT3 بالا (MLLT1/MLLT3 بالا) مشخص می شوند. تغییرات رونویسی پس از حذف هر دو خواننده کم است و نمی تواند کاهش فعالیت AID را توضیح دهد.

از نظر مکانیکی، MLLT1 و MLLT3 برای اتصال کروماتین AID جهانی غیرقابل استفاده هستند اما به صورت محلی AID را در پایین دست از مناطق پروموتور غنی می کنند. هر دو خواننده به AID متصل می شوند و به طور اضافی عمل می کنند، اما MLLT1 نقش غالبی در موش ها از طریق منطقه نابسامان ذاتی خود دارد، که باعث افزایش متراکم می شود که به طور انتخابی AID را متمرکز می کند. ادغام AID به MLLT1 یا MLLT3 برای بازیابی نوترکیبی سوئیچ کلاس و جهش زایی در سلول های Mllt1 -/- Mllt3 -/- کافی است.

این یافته‌ها نشان می‌دهد که MLLT1/MLLT3 محلی غنی‌سازی وابسته به بالا مجوز AID را در یک زیر مجموعه محدود از مناطق ژنومی با محدود کردن و تمرکز فضایی فعالیت آن، احتمالا از طریق تشکیل میعانات، می‌دهد.

این یک پیش نمایش از محتوای اشتراک است که از طریق موسسه شما دسترسی دارد

به Nature و 54 مجله Nature Portfolio دیگر دسترسی داشته باشید

Nature+ را دریافت کنید، بهترین اشتراک دسترسی آنلاین ما

قیمت‌ها ممکن است مشمول مالیات‌های محلی باشد که در هنگام تسویه حساب محاسبه می‌شود

داده های خام و پردازش شده Chip-seq و TT-seq تولید شده در این مطالعه در مخزن NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) تحت شماره دسترسی GSE336466 ذخیره شدند. داده‌های آمپلیکون-seq خام نانوپوره در آرشیو Sequence Read تحت BioProject PRJNA1481264 ذخیره شده‌اند. داده های خام BioID در مخزن داده های پروتئومیکس MASSIVE با شماره MSV000099228 ذخیره شد.

سایر مجموعه‌های داده مورد استفاده در این تجزیه و تحلیل از پایگاه داده GEO بارگیری شدند: GSE121355 و GSE31039 (به ترتیب H3K27Ac و H3K9Ac تراشه‌های سلول‌های CH12F3)، GSE82144 (H3K27Ac و H3K9Ac ChiP-seq سلول‌های B130 فعال)، سلول‌های CH12F3)، GSE62063 (H3K27Ac ChiP-seq و فهرست فوق تقویت‌کننده سلول‌های Ramos و سلول‌های B فعال)، GSE182214 (H3K27Ac ChiP-seq سلول‌های SUDHL5)، GSE24178 (AID Chip سلول‌های B1194RAIDNA سلول‌های B1194PR فعال شده) و القا شده با داکسی سایکلین).

کاتالوگ مناطق تحت تأثیر SHM نابجا در لنفوم سلول B انسانی از منبع LLMPP (https://github.com/morinlab/LLMPP/tree/main/resources/curated) به دست آمده است. در تمام موارد، داده‌های خام با استفاده از خطوط لوله و رویه‌هایی که در بالا توضیح داده شد، دانلود و دوباره تحلیل شدند. ژنوم های مرجع مورد استفاده برای آنالیزهای توالی یابی شامل GRCm38/mm10 و GRCh37/hg19، و همچنین ژنوم های مرجع S. cerevisiae R64-1-1 و D. melanogaster dm6 برای نرمال سازی افزایش سرعت می باشد.

مجموعه داده‌های CH12F3 نیز با یک ژنوم سفارشی CH12F3 بر اساس GRCm38/mm10 تراز شدند و برای منعکس‌کننده جایگاه Igh VDJ مجددا ترکیب شدند، همانطور که قبلا در شماره 25 توضیح داده شد و در GitHub (https://github.com/francoisrobertlab/dinoia_mllt1_3_project) موجود است. مجموعه داده‌های راموس نیز با ژنوم سفارشی راموس که توالی IGH بازآرایی شده را در خود جای داده بود، تراز شدند. منابع ژنومی در دسترس هستند (https://github.com/francoisrobertlab/dinoia_mllt1_3_project)، با دنباله Ramos IGH که از https://github.com/PavriLab/IgH_VDJ_PROcapseq مشتق شده است.

جستجوهای طیف سنجی جرمی BioID از پایگاه داده RefSeq انسانی (v57)، تکمیل شده با توالی های رایج آلاینده و طعمه استفاده کردند. توالی های پروتئین MLLT1 و MLLT3 مورد استفاده برای تجزیه و تحلیل توالی از UniProt (Q9EPX7 برای MLLT1 موش و A2AM29 برای MLLT3 موش) و اطلاعات ساختاری برای دامنه های YEATS از کدهای الحاقی بانک داده های پروتئین 4QKW و 4QKX به دست آمد. داده های منبع با این مقاله ارائه شده است.

نرم افزار جدیدی تولید نشد. کد سفارشی و گردش‌های کاری مورد استفاده در این مطالعه در GitHub سپرده شده‌اند: تجزیه و تحلیل جهش آمپلیکون (https://github.com/catg-umag/ig-ont-variants)، محاسبه پارامترهای سینتیک رونویسی (https://github.com/tellyalogicalguy/mllt1_3_Chickets-Ttranscription، و مونتاژ ژنوم سفارشی راموس (https://github.com/francoisrobertlab/dinoia_mllt1_3_project).

Lauring، M. C. & Basu، U. مکانیسم های هیپرجهش سوماتیک در طول لنفوموژنز و تبدیل. Curr. نظر. ژنت توسعه دهنده 85، 102165 (2024).

ربیانی، دی.ف. و همکاران. AID باعث شکستگی دو رشته ای DNA در ژن های غیر Ig و لنفوم های بالغ سلول B با جابجایی متقابل کروموزوم می شود. مول. سلول 36، 631-641 (2009).

مقاله CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

بال، ای و همکاران. هیپرموتیشن فوق تقویت کننده بیان انکوژن را در لنفوم سلول B تغییر می دهد. Nature 607، 808-815 (2022).

مقاله ADS CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

لیمن-نیل، R. J. و همکاران. جهش‌های غیر کدکننده باعث هدف‌گیری مجدد فوق تقویت‌کننده می‌شوند که منجر به اختلال در سنتز پروتئین در طول پیشرفت لنفوم سلول B می‌شود. نات ژنت 55، 2160-2174 (2023).

Feng, Y., Seija, N., Di Noia, J. M. & Martin, A. AID در تنوع آنتی بادی: آنجا و دوباره. Trends Immunol. 41، 586-600 (2020).

Yeap, L. S. & Meng, F.-L. فاکتورهای سیس و ترانس مؤثر بر هدف گیری ایدز و پیامدهای جهش زا در تنوع آنتی بادی. Adv. ایمونول. 141، 51-103 (2019).

Yamane، A. و همکاران. شناسایی توالی یابی عمیق اهداف ژنومی سیتیدین دآمیناز AID و کوفاکتور RPA آن در لنفوسیت های B. نات ایمونول. 12، 62-69 (2011).

Matthews, A. J., Husain, S. & Chaudhuri, J. اتصال AID به DNA با فعالیت جهش دهنده ارتباطی ندارد. J. Immunol. 193، 252-257 (2014).

Methot، S. P. و همکاران. یک مرحله مجوز، AID را به افزایش طول رونویسی برای جهش زایی در سلول های B مرتبط می کند. نات اشتراک. 9, 1248 (2018).

مقاله ADS PubMed PubMed Central Google Scholar

Qin, Y. & Meng, F.-L. رام کردن فعالیت جهش دهنده ایدز در هیپرجهش سوماتیک Trends Biochem. علمی 49، 622-632 (2024).

پاوری، آر و همکاران. سیتیدین دآمیناز ناشی از فعال‌سازی، DNA را در مکان‌هایی که RNA پلیمراز II متوقف می‌شود، با تعامل با Spt5 هدف قرار می‌دهد. سلول 143، 122-133 (2010).

ویلمن، ک. ال. و همکاران. نقشی برای مجتمع PAF مرتبط با RNA Pol II در تنوع ایمنی ناشی از AID. J. Exp. پزشکی 209، 2099-2111 (2012).

دای، پی و همکاران. آسیب دآمیناسیون AID همراه با رونویسی به RNA پلیمراز II مرتبط با ELOF1 بستگی دارد. مول. Cell 85, 1280-1295.e9 (2025).

وو، ال و همکاران فاکتور ازدیاد طول رونویسی ELOF1 برای هایپرجهش سوماتیک کارآمد و نوترکیب سوئیچ کلاس مورد نیاز است. مول. Cell 85, 1296-1310.e7 (2025).

Begum، N. A.، Stanlie، A.، Nakata، M.، Akiyama، H. & Honjo، T. چپرون هیستونی Spt6 برای تعیین هدف سیتیدین دآمیناز ناشی از فعال سازی از طریق تنظیم H3K4me3 مورد نیاز است. جی بیول. شیمی. 287، 32415–32429 (2012).

Wang, L., Whang, N., Wuerffel, R. & Kenter, A. L. استیلاسیون هیستون وابسته به AID در نواحی ایمونوگلوبولین S شناسایی می شود. J. Exp. پزشکی 203، 215-226 (2006).

اصلاحات کروماتین Kuang، F. L.، Luo، Z. و Scharff، M. D. H3 تری متیل K9 و H3 استیل K9 با نوترکیبی سوئیچ کلاس مرتبط هستند. Proc. Natl Acad. علمی USA 106, 5288-5293 (2009).

وانگ، کیو و همکاران. هدف گیری اپی ژنتیکی سیتیدین دآمیناز ناشی از فعال سازی Proc. Natl Acad. علمی USA 111, 18667–18672 (2014).

پفانیس، ای. و همکاران. رونویسی RNA غیرکدکننده، AID را به جایگاه های رونویسی شده در سلول های B هدف قرار می دهد. Nature 514، 389-393 (2014).

باسو، یو و همکاران. اگزوزوم RNA سیتیدین دآمیناز AID را به هر دو رشته سوبستراهای DNA دوبلکس رونویسی شده هدف قرار می دهد. سلول 144، 353-363 (2011).

منگ، اف.-ال. و همکاران رونویسی همگرا در فوق تقویت کننده های درون ژنی، بی ثباتی ژنومی ناشی از ایدز را هدف قرار می دهد. سلول 159، 1538-1548 (2014).

کیان، جی و همکاران. سوپر تقویت‌کننده‌های سلول B و خوشه‌های تنظیم‌کننده، فعالیت تومورزایی AID را به کار می‌گیرند. سلول 159، 1524-1537 (2014).

سوبرامانی، پی جی و همکاران. فعالیت DOT1L سرعت ازدیاد طول رونویسی را محدود می کند و از توقف RNAPII برای تسهیل جهش زایی توسط AID حمایت می کند. نات اشتراک. 17، 1623 (2026).

Zhang, Z., Xu, J., Liu, J., Wang, J. & Lei, L. SEC: یک مرکز اصلی در طول تغییر سرنوشت سلولی. FASEB J. 38, e23680 (2024).

Aoi, Y. & Shilatifard, A. کنترل ازدیاد طول رونویسی در بیان ژن تکاملی، پیری و بیماری. مول. سلول 83، 3972-3999 (2023).

لین، سی و همکاران. رویدادهای رونویسی پویا در سلول های بنیادی جنینی با واسطه کمپلکس فوق طویل شدن (SEC). Genes Dev. 25، 1486-1498 (2011).

تسوکومو، اس.-آی. و همکاران AFF3، یک عامل حساسیت برای بیماری های خود ایمنی، تسهیل کننده مولکولی نوترکیبی سوئیچ کلاس ایمونوگلوبولین است. علمی Adv. 8, eabq0008 (2022).

لی، ی و همکاران دامنه AF9 YEATS استیلاسیون هیستون را به متیلاسیون H3K79 با واسطه DOT1L پیوند می دهد. سلول 159، 558-571 (2014).

وان، ال و همکاران. ENL استیلاسیون هیستون را به بیان ژن انکوژنیک در لوسمی میلوئید حاد پیوند می دهد. Nature 543، 265-269 (2017).

رامیرو، A. R. و همکاران. نقش بی ثباتی ژنومی و p53 در جابجایی های c-Myc-Igh ناشی از AID. Nature 440، 105-109 (2006).

Rada، C. A.، Di Noia، J. M. & Neuberger، M. S. تشخیص عدم تطابق و برش اوراسیل مسیرهای تکمیلی را برای سوئیچینگ Ig و فاز متمرکز بر A/T جهش سوماتیک فراهم می‌کنند. مول. سلول 16، 163-171 (2004).

وو، ال و همکاران HMCES به طور خاص از ژن های ایمونوگلوبولین در برابر حذف در طول هیپرجهش سوماتیک محافظت می کند. Genes Dev. 36، 433-450 (2022).

Arakawa، H.، Saribasak، H. & Buerstedde، J.-M. سیتیدین دآمیناز ناشی از فعال سازی، تبدیل ژن ایمونوگلوبولین و هیپرجهش را توسط یک واسطه مشترک آغاز می کند. PLoS Biol. 2، E179 (2004).

او، N. و همکاران. کمپلکس فاکتور مرتبط با پلیمراز انسانی (PAFc) کمپلکس فوق ازدیاد طول (SEC) را به RNA پلیمراز II روی کروماتین متصل می کند. Proc. Natl Acad. علمی USA 108، E636–E645 (2011).

Zahn، A. و همکاران. دامنه C ترمینال دآمیناز ناشی از فعال‌سازی، شکست‌های DNA را برای پایان دادن به حفاظت و تعمیر در طول نوترکیبی سوئیچ کلاس پیوند می‌دهد. Proc. Natl Acad. علمی USA 111، E988–E997 (2014).

Erb، M. A. و همکاران. کنترل رونویسی توسط دامنه ENL YEATS در لوسمی حاد. Nature 543، 270-274 (2017).

پیچوا، ام. و همکاران. زمان تکثیر DNA به طور مستقیم فرکانس جابجایی های کروموزومی انکوژنیک را تنظیم می کند. Science 377, eabj5502 (2022).

Longerich, S., Tanaka, A., Bozek, G., Nicolae, D. & Storb, U. انتهای بسیار 5' و ناحیه ثابت ژنهای Ig از جهش سوماتیک در امان هستند زیرا AID به این مناطق دسترسی ندارد. J. Exp. پزشکی 202، 1443-1454 (2005).

Rada, C. & Milstein, C. تغییرپذیری ذاتی ژن های زنجیره سنگین و سبک آنتی بادی به طور تصاعدی تحلیل می رود. EMBO J. 20, 4570-4576 (2001).

Heltzel, J. H. M., Maul, R. W., Yang, W. & Gearhart, P. J. Promoter proximity پنجره جهش را برای ژن های VH و VK بازآرایی شده به ژن های مختلف J تعریف می کند. J. Immunol. 208، 2220-2226 (2022).

Duan، Z. و همکاران. نقش متیلاسیون Dot1L و H3K79 در تنظیم هیپرجهش سوماتیک ژن های ایمونوگلوبولین. Proc. Natl Acad. علمی USA 118, e2104013118 (2021).

مولر، دی و همکاران. نقشی برای شریک فیوژن MLL ENL در ازدیاد طول رونویسی و اصلاح کروماتین. Blood 110, 4445-4454 (2007).

وان، ال و همکاران. اختلال در سرنوشت سلولی از طریق جهش های افزایش عملکرد در دستگاه کروماتین خوان. Nature 577، 121-126 (2020).

زایسیگ، دی تی و همکاران. پروتئین یازده-نوزده-لوسمی ENL شرکای همجوشی هسته ای MLL را با کروماتین متصل می کند. Oncogene 24، 5525-5532 (2005).

سونگ، L. و همکاران. جهش‌های نقطه داغ در دامنه ساختاریافته ENL YEATS میعانات رونویسی نابجا و سرطان را به هم مرتبط می‌سازند. مول. سلول 82، 4080-4098.e12 (2022).

Ui, A., Nagaura, Y. & Yasui, A. فاکتور ازدیاد طول رونویسی ENL فسفریله شده توسط ATM پلی کامب را به خدمت گرفته و رونویسی را برای تعمیر DSB خاموش می کند. مول. سلول 58، 468-482 (2015).

Hetzner، K.، Garcia-Cuellar، M.-P.، Büttner، C. & Slany، R. K. تعامل ENL با PAF1 خاموشی پلی کمب را کاهش می دهد و لوکموژنز موش را تسهیل می کند. Blood 131, 662-673 (2018).

Guo, C. et al. ENL جداسازی فاز چند ظرفیتی کمپلکس فوق افزایش طول (SEC) را در کنترل فعال‌سازی سریع رونویسی آغاز می‌کند. علمی Adv. 6, eaay4858 (2020).

بودینیچ، K. A. و همکاران. RNA هسته میعان را بر روی کروماتین تقویت می کند تا رونویسی انکوژنیک را تقویت کند. مول. سلول https://doi.org/10.1016/j.molcel.2026.05.024 (2026).

Methot، S. P. و همکاران. برهمکنش های متوالی با HSP90 و eEF1A زمینه ساز بلوغ عملکردی و مسیر ذخیره سازی AID در سیتوپلاسم است. J. Exp. پزشکی 212، 581-596 (2015).

لاریجانی، م و همکاران. AID با DNA تک رشته ای با میل ترکیبی بالا و نیمه عمر پیچیده طولانی به روشی مستقل از توالی مرتبط است. مول. سلول Biol. 27، 20-30 (2007).

Rouaud, P. et al. ناحیه تنظیمی IgH 3، هیپرجهش سوماتیک را در سلول های B مرکز ژرمینال کنترل می کند. J. Exp. پزشکی 210، 1501-1507 (2013).

یانگ، جی و همکاران جداسازی فاز MYC به طور انتخابی رونوشت را تعدیل می کند. نات ساختار. مول. Biol. 31، 1567-1579 (2024).

برمر، A. و همکاران. تطبیق مدل های رقیب در مورد نقش میعانات و کمپلکس های محلول در تابع فاکتور رونویسی مول. سلول 85، 2718-2732.e7 (2025).

Xie، X. و همکاران. تراکم ناشی از حذف C ترمینال، AID را از اهداف IgH در نقص ایمنی جدا می کند. EMBO J. 41، e109324 (2022).

King, J. J. & Larijani, M. شکل پذیری ساختاری انتخاب سوبسترا توسط سیتیدین دآمیناز ناشی از فعال سازی به عنوان تنظیم کننده فعالیت جهش زایی آن در سطح ژنوم. FEBS Lett. 595، 3-13 (2021).

میخوا، ام و همکاران. یک هاب RNA پویا جذب سیتیدین دآمیناز ناشی از فعال‌سازی را به جایگاه زنجیره سنگین ایمونوگلوبولین تسهیل می‌کند. مول. سلول https://doi.org/10.1016/j.molcel.2026.06.012 (2026).

وو، ال و همکاران تنظیم‌کننده‌های مکث و افزایش طول رونویسی واسطه هایپرجهش سوماتیک هستند. طبیعت https://doi.org/10.1038/s41586-026-11092-4 (2026).

کنتر، A. L. و همکاران. معماری سه بعدی جایگاه IgH نوترکیبی سوئیچ کلاس را تسهیل می کند. ان N. Y. Acad. علمی 1267، 86-94 (2012).

Haque, F., Honjo, T. & Begum, N. A. XLID ژن سندرم Med12 تغییر ایزوتیپ Ig را از طریق اصلاح کروماتین و تنظیم RNA تقویت کننده ترویج می کند. علمی Adv. 8, eadd1466 (2022).

بله، L.-S. و همکاران مکانیسم‌های ذاتی توالی که پیامدهای جهشی AID را روی ژن‌های آنتی‌بادی هدف قرار می‌دهند. سلول 163، 1124-1137 (2015).

ناکامورا، ام. و همکاران. تغییر کلاس فرکانس بالا کلون لنفوم IgM + B CH12F3 به سلول های IgA +. بین المللی ایمونول. 8، 193-201 (1996).

Shanbhag، N. M.، Rafalska-Metcalf، I. U.، Balane-Bolivar، C.، Janicki، S. M. و گرینبرگ، R. A. کروماتین وابسته به ATM رونویسی سکوت را در شکست های دو رشته ای cis به DNA تغییر می دهد. سلول 141، 970-981 (2010).

مستقیم، م و همکاران. کشف یک کاوشگر شیمیایی دامنه MLLT1/3 YEATS. آنژو. شیمی. بین المللی اد. انگلیسی 57، 16302-16307 (2018).

راوکس، بی و همکاران. کشف PFI-6، یک کاوشگر شیمیایی با مولکول کوچک برای دامنه YEATS MLLT1 و MLLT3. Bioorg. پزشکی شیمی. Lett. 98 , 129546 (2024).

گورمورتی، سی بی و همکاران. ایجاد موش های مهندسی شده با ژنوم ژنومی مبتنی بر CRISPR بدون کنترل خارج از بدن زیگوت ها توسط i-GONAD. نات پروتکل 14، 2452-2482 (2019).

Modzelewski، A. J. و همکاران. مهندسی کارآمد ژنوم موش توسط فناوری CRISPR-EZ. نات پروتکل 13، 1253-1274 (2018).

کازولا، اس و همکاران. ردیابی سلول‌های B مرکز ژرمینال که رونوشت‌های ایمونوگلوبولین 1 خط ژرمینال را با هدف قرار دادن ژن مشروط بیان می‌کنند. Proc. Natl Acad. علمی USA 103, 7396–7401 (2006).

نوجیما، تی و همکاران سلول های B مرکز ژرمینال مشتق شده در شرایط آزمایشگاهی به طور متفاوت حافظه B یا سلول های پلاسما را در داخل بدن تولید می کنند. نات اشتراک. 2, 465 (2011).

Caeser, R. et al. اصلاح ژنتیکی سلول‌های B اولیه انسانی برای مدل‌سازی لنفوم با درجه بالا. نات اشتراک. 10, 4543 (2019).

لینگ، A. K. و همکاران. انحرافات قطبی شکست DNA دو رشته ای انتخاب مسیر را در طول نوترکیبی داخل کروموزومی و بین کروموزومی ترمیم می کند. Proc. Natl Acad. علمی USA 115, 2800–2805 (2018).

Arakawa، H.، Hauschild، J. & Buerstedde، J.-M. نیاز به ژن دآمیناز (AID) ناشی از فعال سازی برای تبدیل ژن ایمونوگلوبولین. علوم 295، 1301-1306 (2002).

سواسدیچای، ع.، چن، ح.-ت.، عبدالحمید، ن.، جایرامان، پ.-س. & Gaston، K. درجا شکنش درون سلولی سلول های چسبنده و غیر چسبنده پستانداران. J. Vis. انقضا https://doi.org/10.3791/1958 (2010).

Craig, R. & Beavis, R. C. TANDEM: تطبیق پروتئین ها با طیف جرمی پشت سر هم. بیوانفورماتیک 20، 1466-1467 (2004).

اشتاینبرگ، دی و همکاران. iProphet: تجزیه و تحلیل یکپارچه چند سطحی داده های پروتئومی تفنگ ساچمه ای نرخ شناسایی پپتید و پروتئین و تخمین خطا را بهبود می بخشد. مول. سلول پروتئومیکس 10، M111.007690 (2011).

لیو، جی و همکاران. ProHits: نرم افزار یکپارچه برای پروتئومیکس برهمکنش مبتنی بر طیف سنجی جرمی. نات بیوتکنول. 28، 1015–1017 (2010).

Keller, A., Nesvizhskii, A. I., Kolker, E. & Aebersold, R. مدل آماری تجربی برای تخمین دقت شناسایی پپتیدهای ساخته شده توسط MS/MS و جستجوی پایگاه داده. مقعدی شیمی. 74، 5383-5392 (2002).

Nesvizhskii, A. I., Keller, A., Kolker, E. & Aebersold, R. یک مدل آماری برای شناسایی پروتئین ها توسط طیف سنجی جرمی پشت سر هم. مقعدی شیمی. 75، 4646-4658 (2003).

تئو، جی و همکاران. SAINTexpress: بهبودها و ویژگی های اضافی در تجزیه و تحلیل اهمیت نرم افزار Interactome. J. Proteomics 100، 37-43 (2014).

ایگان، بی و همکاران. یک رویکرد جایگزین برای نرمال‌سازی تراشه‌های تراشه‌ای، تشخیص تغییرات ژنومی در تری متیلاسیون هیستون H3 لیزین 27 را بر اساس مهار EZH2 امکان‌پذیر می‌سازد. PLoS ONE 11، e0166438 (2016).

Ewels، P.، Magnusson، M.، Lundin، S. & Käller، M. MultiQC: نتایج تجزیه و تحلیل برای ابزارها و نمونه های متعدد را در یک گزارش خلاصه می کند. بیوانفورماتیک 32، 3047-3048 (2016).

رامیرز، اف و همکاران. deepTools2: یک وب سرور نسل بعدی برای تجزیه و تحلیل داده های توالی یابی عمیق. Nucleic Acids Res. 44، W160–W165 (2016).

Gaspar, J. M. بهبود تماس با اوج با MACS2. پیش چاپ در bioRxiv https://doi.org/10.1101/496521 (2018).

یو، جی، وانگ، ال.-جی. و او، Q.-Y. ChiPseeker: یک بسته R/Bioconductor برای حاشیه نویسی، مقایسه و تجسم اوج تراشه. بیوانفورماتیک 31، 2382-2383 (2015).

Quinlan, A. R. & Hall, I. M. BEDTools: مجموعه ای انعطاف پذیر از ابزارهای کاربردی برای مقایسه ویژگی های ژنومی. بیوانفورماتیک 26، 841-842 (2010).

Gregersen, L. H., Mitter, R. & Svejstrup, J. Q. استفاده از TTchem-seq برای پروفیل رونویسی نوپا و اندازه گیری ازدیاد طول رونوشت. نات پروتکل 15، 604-627 (2020).

لارنس، ام. و همکاران. نرم افزار برای محاسبه و حاشیه نویسی محدوده ژنومی. محاسبات PLoS. Biol. 9، e1003118 (2013).

گرسل، اس و همکاران. مکث RNA پلیمراز II وابسته به CDK9 شروع رونویسی را کنترل می کند. eLife 6 , e29736 (2017).

Velychko، T. و همکاران. فعالیت CDK7 کیناز با تسهیل آزادسازی فاکتور شروع، فرار پروموتر RNA پلیمراز II را ترویج می کند. مول. سلول 84، 2287-2303.e10 (2024).

Faust, G., Stand, A. & Weuster-Botz, D. IPTG می توانند جایگزین لاکتوز در محیط های القای خودکار شوند تا بیان پروتئین در اشریشیا کلی کشت دسته ای را افزایش دهند. مهندس زندگی علمی. 15، 824-829 (2015).

Freibaum، B. D.، Messing، J.، Yang، P.، Kim، H. J. & Taylor، J. P. بازسازی با وفاداری بالا گرانول‌های استرس و هسته‌ها در لیزات سلولی پستانداران. J. Cell Biol. 220 , e202009079 (2021).

استرلینگ، دی آر و همکاران. CellProfiler 4: بهبود در سرعت، ابزار و قابلیت استفاده. BMC Bioinformatics 22, 433 (2021).

Mészáros، B.، Erdős، G. & Dosztányi، Z. IUPred2A: پیش‌بینی وابسته به زمینه اختلال پروتئین به عنوان تابعی از حالت ردوکس و اتصال پروتئین. Nucleic Acids Res. 46، W329–W337 (2018).