ژنوم ها و فسیل های مرجع، فیلوژنی و جغرافیای بیولوژیکی خانواده خفاش ها را اصلاح می کنند

خفاش‌ها در بین پستانداران فوق‌العاده‌اند، به‌علاوه، دارای پرواز با قدرت و پژواک حنجره‌ای تکامل‌یافته، همراه با مقاومت در برابر بیماری، طول عمر طولانی‌تر و توانایی خواب زمستانی هستند. با این حال، تاریخچه تکاملی خفاش ها و درک این سازگاری ها حل نشده باقی مانده است. ما مجموعه‌های ژنومی در سطح کروموزوم و طولانی‌مدت خوانده شده را از 103 گونه خفاش، از جمله 42 مجموعه جدید، که همه 21 خانواده خفاش را نشان می‌دهند، تجزیه و تحلیل کردیم. این مجموعه داده، گسترش یافته در دامنه و کیفیت مونتاژ، فیلوژنی جدید خفاش را به همراه داشت.

ما Myzopodidae را به عنوان اولین شاخه در Vespertilionoidea قرار دادیم و روابط یانگوکیروپتران را حل کردیم و Emballonuroidea و Vespertilionoidea را به عنوان گروه‌های خواهر شناسایی کردیم. تجزیه و تحلیل ما تاریخچه تکاملی موزاییکی را در بین خفاش ها نشان داد و توضیح داد که چرا مطالعات فیلوژنتیک قبلی گمراه شده بودند. بازسازی های کروموزومی حالت اجدادی از 26 کروموزوم خفاش اجدادی پشتیبانی کرد. ما یک مجموعه داده مورفولوژیکی از 699 کاراکتر را برای 65 گونه، از جمله 44 فسیل پیش از کواترنر و نمایندگان اکثر خانواده‌های خفاش‌های زنده، با مکان‌های ژنومی در حال تکامل خنثی ادغام کردیم.

تجزیه و تحلیل‌های فسیل‌شده تولد-مرگ و پراکندگی-انقراض cladogenesis نشان داد که خفاش‌ها، و در نتیجه پرواز با نیرو، احتمالا در اروپا در اواخر پالئوسن سرچشمه می‌گیرند و منشأ آفریقایی و آمریکای شمالی را رد می‌کنند. قرار دادن فسیل † Vielasia در قدیمی‌ترین کلاد Eochiroptera نشان می‌دهد که اکولوکاسیون حنجره پیش از تنوع تاج-خفاش است. تاریخ‌گذاری مجموع شواهد، از جمله گونه‌های فسیلی، به طور قابل‌توجهی طول شاخه‌های پایه ارائه‌نشده را در مقایسه با تخمین‌های واگرایی فقط مولکولی کاهش داد.

با ادغام مجموعه داده‌های ژنومی و مورفولوژیکی جامع، که با استفاده از روش‌های نوآورانه تجزیه و تحلیل شده‌اند، مناقشات طولانی‌مدت در زیست‌شناسی خفاش‌ها را حل می‌کنیم و بینش جدیدی در مورد تاریخچه تکاملی و تنوع صفات خفاش‌ها ارائه می‌کنیم.

با بیش از 1500 گونه، خفاش ها بیش از یک پنجم کل گونه های پستانداران زنده را تشکیل می دهند. آنها در سطح جهانی پراکنده شده اند، عمدتا شبگرد هستند و با گونه های حشره خوار، حشره خوار، گوشتخوار، ماهی خوار، میوه خوار و شهدخوار سازگار هستند. برخی از گونه‌ها در مقایسه با سایر پستانداران با اندازه بدنی مشابه، به‌طور استثنایی عمر طولانی دارند، می‌توانند 8 تا 10 برابر بیشتر از حد انتظار زندگی کنند و نشانه‌های کمی از پیری یا سرطان را نشان می‌دهند.

چندین گونه میزبان انواع ویروس ها بدون علائم بیماری آشکار هستند و سازگاری های ایمنی منحصر به فردی را نشان می دهند 4، 5. علیرغم داشتن کوچکترین ژنوم پستانداران (تقریبا 2 گیگابایت)، آنها حاوی ویروس‌کره ژنومی درون‌زای متنوعی هستند 4، 6 و بسیاری از آنها ترانسپوزون‌های DNA فعال دارند که در بین پستانداران بسیار نادر است.

کسب و تکامل این صفات منحصر به فرد، به ویژه در رابطه با تکامل پرواز و پژواک، مرکز بحث های داغ بوده است. این احتمالا به دلیل مشکلاتی است که در بازسازی تاریخ تکامل خفاش وجود دارد 8، 9، 10. چالش‌ها ناشی از: خصوصیات مولکولی و مورفولوژیکی هم‌پلاستیک و همگرا 11، 12؛ سیگنال های فیلوژنتیک متناقض 13 ; کمبود مجموعه های ژنومی خفاش در سطح کروموزوم 1، 14; رویدادهای گونه‌زایی سریع که منجر به مرتب‌سازی ناقص دودمان و درون‌گرایی می‌شود. کمبود روش های فیلوژنتیک مورد نیاز برای h

andle این پیچیدگی; و یک فسیل محدود و تکه تکه شده 16 .

در واقع، سوابق فسیلی بینش های مهم اما ناقصی را در مورد تکامل اولیه خفاش ها ارائه کرده است. قدیمی‌ترین فسیل‌های خفاش، متعلق به اوایل ائوسن (تقریبا 56 تا 52 میلیون سال پیش (Ma)) از چندین منطقه جغرافیایی بیولوژیکی، از جمله آسیا، آمریکای شمالی، اروپا و استرالیا بازیابی شده‌اند و در برخی موارد شامل اسکلت‌های به خوبی حفظ شده از نهشته‌های Lagerstätten هستند. این فسیل‌ها نشان می‌دهند که پرواز با نیرو و پژواک تا این زمان تکامل یافته است (16، 17، 18).

با این حال، فراتر از این پنجره زمانی باریک، سابقه فسیلی خفاش پراکنده و بسیار تکه تکه است، که توسط عناصر جدا شده دندانی یا پس از جمجمه تحت سلطه است، با بخش قابل توجهی از تاریخچه تکاملی خفاش ها گم شده است. در نتیجه، شواهد فسیلی به تنهایی برای حل منشاء جغرافیایی و تنوع اولیه خفاش ها کافی نیست.

استنباط‌های جغرافیایی بیولوژیکی که فسیل‌ها را با فیلوژنی‌های مولکولی ادغام می‌کنند، منشأ آمریکای شمالی 17، آفریقای 20 یا آسیایی 21 را پیشنهاد کرده‌اند، که اغلب حاکی از رویدادهای پراکندگی چندگانه در فواصل طولانی است، اما این نتایج به محدودیت‌های روش‌شناختی و ناقص بودن داده‌ها حساس هستند. به موازات آن، نمونه برداری ژنومی پراکنده و تکیه بر مجموعه های ژنوم تکه تکه یا با کیفیت پایین، استنتاج فیلوژنتیک قوی را محدود کرده است، و مانع از تلاش برای بازسازی و درک بهتر تکامل خفاش می شود.

برای غلبه بر این مشکلات، کنسرسیوم Bat1K برای تولید و تجزیه و تحلیل مجموعه های ژنومی با کیفیت مرجع از همه گونه های خفاش زنده (https://bat1k.com) تأسیس شد. در اینجا ما فاز 1 پروژه را ارائه می کنیم که شامل مجموعه هایی در سطح کروموزوم و طولانی مدت است که همه 21 خانواده خفاش را نشان می دهد (شکل 1).

ما اعضای خانواده‌های مرموز، Craseonycteridae (تایلند و میانمار)، Mystacinidae (نیوزیلند) و Myzopodidae (ماداگاسکار)، همه بومی منطقه‌ای، و سه خانواده خفاش‌هایی که اخیرا شناخته شده‌اند، Cistugidae، Rhinonycteridae و Miniopteridae 1 را شامل شد. گونه‌های ما دارای واگرایی‌های عمیق در خانواده‌های غنی از گونه‌های خفاش Phyllostomidae و Vespertilionidae است و نمایندگانی از خانواده‌های Nycteridae، Thyropteridae، Furipteridae، Noctiliionidae، Mormoopidae و Natalidae را شامل می‌شود (شکل 1، یادداشت تکمیلی 1 و 1).

مقادیر درون هر برش تعداد مجموعه های ژنومی در هر خانواده را نشان می دهد. مقادیر مجاور نام خانوادگی پوشش گونه (%) را نسبت به همه گونه های توصیف شده در آن خانواده نشان می دهد. رنگ های بیرونی نشان دهنده ابرخانواده ها هستند. Myzopodidae در Vespertilionoidea نشان داده شده است. نمادها نشان دهنده قابلیت تغذیه طاقچه و پژواک در هر خانواده است.

با شروع از بالا و حرکت در جهت عقربه‌های ساعت، تصاویر مربوط به خانواده‌ها و گونه‌های زیر است: Pteropodidae (Pteropus capistratus)، Rhinopomatidae (Rhinopoma hardwickii)، Megadermatidae (Lavia frons)، Craseonycteridae (Raseonyinyaopteriis)، persicus)، Hipposideridae (Hipposideros diadema)، Rhinolophidae (Rhinolophus megaphyllus)، Nycteridae (Nycteris hispida)، Emballonuridae (Sacopteryx leptura)، Myzopodidae (Myzopoda auritae (Natalustae) Cistugo lesueuri)، Molossidae (Eumops perotis)، Mi

niopteridae (Miniopterus schreibersii)، Vespertilionidae (Lasiurus cinereus)، Mystacinidae (Mystacina tuberculata)، Thyropteridae (Tyroptera tricolor)، Furipteridae (Furipterus horrens)، Noctilioporus Mormoops megalophylla) و Phyllostomidae (Tonatia saurophila). تمام تصاویر توسط فیونا رید به صورت دستی طراحی شده اند. لوگوی Bat1K توسط پیتر لانگ تحت مجوز Creative Commons Universal Public Domain CC0 1.0 طراحی شده است. تصاویر در مقیاس ترسیم نمی شوند.

ما از توالی‌یابی طولانی مدت و Hi-C برای تولید 42 مجموعه ژنومی با کیفیت مرجع جدید در سطح کروموزوم که 41 گونه مجزا را نشان می‌دهند، استفاده کردیم. 26 مورد از ژنوم های جدید مجموعه هایی با حل هاپلوتیپ هستند (یادداشت های تکمیلی 2 و 3). 42 مجموعه جدید استانداردهای کلیدی Bat1K و پروژه بیوژنوم زمین 1، 23 را برآورده می‌کنند یا از آنها فراتر می‌روند و دارای کامل بودن ژن بالایی هستند (داده‌های توسعه‌یافته شکل 1a-c و یادداشت‌های تکمیلی 4 و 5). همراه با مجموعه‌های باکیفیت بالای 62 گونه، مجموعه داده ما شامل 103 گونه خفاش است (داده‌های توسعه‌یافته شکل 1 و جدول تکمیلی 1.1).

ما همچنین هشت گروه برون‌گروه را از سراسر درخت پستانداران وارد کردیم (یادداشت تکمیلی 1).

عناصر قابل انتقال با استفاده از خط لوله به تفصیل در یادداشت تکمیلی 6 و داده های توسعه یافته شکل 1d انتخاب شدند. هزاران دنباله اجماع جدید در Dfam 24 سپرده شد (جدول تکمیلی 6.1؛ مجموعه داده 6.1). ما نتایج قبلی را تأیید کردیم که نشان می‌دهد چندین کلاد تهاجمات اخیر ترانسپوزون‌های DNA و دایره‌های غلتشی را تجربه کرده‌اند در حالی که رتروترانسپوزون‌های معمولی اکثر پستانداران 7، 25 و همچنین توقف تقریبا کامل فعالیت عنصر قابل انتقال در Pteropodidae 26، 27 را نیز در خود جای داده‌اند.

با استفاده از نقشه های حرارتی، ما تجمع عناصر قابل انتقال متناسب را در دو دوره واگرایی انتقالی مقایسه کردیم. دوره اول انباشت عناصر قابل انتقال متناسب را در خفاش‌های «اخیر» (تقریبا 18 میلیون سال تا کنون) با دودمان خفاش «قدیمی» مقایسه می‌کند (تقریبا 18 مایکون به 46 میلیون متر؛ شکل تکمیلی 6.2a). به طور مشابه، ما انباشت عنصر قابل انتقال متناسب را در دودمان اولیه خفاش (تقریبا 18 تا 46 مایل) با تجمع عنصر قابل انتقال متناسب در پروتو خفاش‌ها و پستانداران اجدادی مقایسه کردیم (بزرگتر از 46 میلیون سال؛ شکل تکمیلی 6.2b).

هنگام مقایسه انباشت عناصر قابل انتقال متناسب در خفاش های اولیه در مقابل اجداد پستانداران آنها (تکمیلی شکل 6.2b)، نشان دادیم که حتی در طول این تنوع اولیه، عناصر قابل انتقال به طور متفاوت شروع به تجمع کرده بودند. عناصر هسته ای پراکنده طولانی (LINEs) تجمع را نسبت به سایر عناصر قابل انتقال در مینیوپتریدها، مولوسیدها، مورموپیدها و فیلوستومیدها افزایش دادند، در حالی که عکس آن در هیپوسایدریدها و دودمان منتهی به Cistugo و Triaenops رخ داد.

گسترش هلیترون‌ها، منحصرا به vespertilionids 7 نیز در اوایل تاریخ آنها آغاز شد.

هنگام مقایسه الگوهای جدیدتر با دودمان اولیه خفاش (تکمیلی شکل 6.2a)، متوجه شدیم که توقف تجمع LINE در پتروپودها 7، 27 با افزایش تجمع تکرار انتهایی طولانی همراه است. با این حال، این افزایش‌های نسبی هستند و فقدان انباشت LINE سیگنال حاصل از تجمع تکرار طولانی ترمینال را تقویت می‌کند.

در نهایت، پس از گنجاندن فیلوژنی، دریافتیم که تجمع عنصر قابل انتقال با اندازه مجموعه ژنوم، در خفاش ها به طور کلی و در خانواده خفاش ها همبستگی مثبت دارد (R2 شرطی = 0.88؛ داده های توسعه یافته شکل 2)، مطابق با تجزیه و تحلیل های قبلی در پستانداران 7، که نقش عناصر قابل انتقال ژن را تایید می کند.

با استفاده از MirMachine 28، ما 188 خانواده microRNA با اطمینان بالا و حفاظت شده را در تمام 103 گونه خفاش شناسایی کردیم (داده های توسعه یافته شکل 1f و یادداشت تکمیلی 7)، یک تنفس نمونه برداری که مقایسه های خاص دودمان را در بین متفاوت ترین فیلوژنی خفاش تا کنون امکان پذیر کرد. اگرچه اکثر خانواده‌ها ساختار فیلوژنتیک قوی و ثبات تکاملی را نشان می‌دهند (داده‌های توسعه‌یافته شکل 3)، MIR-506، MIR-95، MIR-375 و MIR-430 تنوع تعداد کپی‌های قابل‌توجهی را نشان می‌دهند، که نشان‌دهنده گسترش‌های خاص دودمان و تنوع نظارتی در خفاش‌ها است.

با توجه به حاشیه‌نویسی، هیچ تلفات خانواده microRNA در اصل و نسب خفاش اجدادی شناسایی نشد (شکل تکمیلی 7.1)، اگرچه ما تلفات خاص دودمان را مشاهده کردیم (به عنوان مثال، MIR-675 در Pteropodidae و Noctilionoidea؛ و MIR-9851 در Emballonuroidea). در مقابل، خانواده‌هایی با تلفات مستقل متعدد (به عنوان مثال، MIR-296 و MIR-2114) محدودیت عملکردی آرام‌تری را در میان دودمان خفاش پیشنهاد می‌کنند (شکل تکمیلی 7.2).

این الگوها با هم، مسیرهای تکاملی microRNA را از خانواده‌های عمیقا حفاظت‌شده تا بسط‌های خاص دودمان، تلفات محدود به کلاد و خانواده‌های غیرقابل مصرف در سطح جهانی نشان می‌دهند.

برای استفاده از مجموعه‌های با کیفیت بالا برای فیلوژنومیکس، چندین هم‌ترازی کل ژنوم تولید کردیم. برای جلوگیری از تعصبات بالقوه، از دو رویکرد مستقل استفاده کردیم: یک استراتژی مبتنی بر مرجع (MULTIZ 29) و یک روش بدون مرجع (پیشرو CACTUS 30) (یادداشت تکمیلی 8). برای به حداقل رساندن سوگیری ناشی از انتخاب گونه‌های مرجع، هم‌ترازی‌های MULTIZ را برای سه مرجع آموزنده فیلوژنتیک تولید کردیم: Homo sapiens (MULTIZ Homo Reference (mHR))، Myotis myotis (mMR؛ Yangochiroptera) و Rhinolophus ferrumequinum (mRR؛ Yinpterochirop). سپس آنها را با متناظر مقایسه کردیم

پیش بینی های مشتق شده از کاکتوس (cHR، cMR و cRR).

MULTIZ به طور مداوم پوشش های هم ترازی بالاتری نسبت به CACTUS ایجاد می کرد که به احتمال زیاد به دلیل تنظیمات پارامترهای حساس تر و گنجاندن ترازهای همپوشانی تکرار شونده توسط RepeatFiller 31، 32 ایجاد می شد (داده های توسعه یافته شکل 4a-c). با این حال، هر دو روش سیگنال های قابل مقایسه و بیولوژیکی سازگار تولید کردند. پوشش هم ترازی به شدت و به طور قابل توجهی با طول شاخه خنثی به ژنوم مرجع مرتبط بود، که نشان می دهد واگرایی تکاملی، به جای مصنوع روش شناختی، در درجه اول تنوع در پوشش بین گونه ها را توضیح می دهد (داده های توسعه یافته شکل 4d-f).

برای بازسازی تاریخچه تکاملی خفاش‌ها و حل اختلافات فیلوژنتیکی طولانی مدت آنها، مجموعه جامعی از مجموعه داده‌های ژنومی را با استفاده از 103 مجموعه ژنوم خفاش و هشت گروه غیرخفاش (111 گونه؛ یادداشت تکمیلی 1) تولید و تجزیه و تحلیل کردیم. علاوه بر ترازهای متعدد کل ژنوم، مجموعه داده‌هایی از ژن‌های کدکننده پروتئین ارتولوگ 1: 1، ژنوم‌های میتوکندری، پنجره‌های در حال تکامل خنثی و پلی‌مورفیسم‌های تک نوکلئوتیدی خنثی (SNP) تولید کردیم.

ما چندین روش استنتاج فیلوژنومیک را اعمال کردیم و توپولوژی های حاصل را مقایسه کردیم (یادداشت های تکمیلی 9-14). سپس سوگیری‌های سیستماتیک بالقوه را در مجموعه داده‌ها و روش‌های خود ارزیابی کردیم و در نهایت یک فیلوژنی اصلاح‌شده در مقیاس ژنوم برای خفاش‌ها تولید کردیم (شکل 2). درختان به دست آمده روی دو توپولوژی اصلی همگرا شدند که ما به آنها درخت ژن کدکننده پروتئین (T1) و درخت پنجره های خنثی (T2) اشاره می کنیم، که تنها با دو بازآرایی شاخه متفاوت هستند (موقعیت Emballonuroidea و مونوفیلی Pipistrellus؛ داده های توسعه یافته شکل 5).

همه آنالیزها به طور واضح از انحصار زیرمجموعه‌های Yinpterochiroptera و Yangochiroptera 16، 17، 18 پشتیبانی می‌کنند و انحصار دودمان‌های پژواک‌کننده را رد می‌کنند (Microchiroptera؛ داده‌های توسعه‌یافته شکل 6). در صورت امکان، همه خانواده‌ها به‌عنوان تک‌فیلتیک در همه مجموعه‌های داده و روش‌ها بازیابی شدند. ما سؤالات فیلوژنتیکی طولانی مدت را در مورد روابط درون Phyllostomidae (داده های توسعه یافته شکل 7) و مونوفیلی Pipistrellus (داده های توسعه یافته شکل 8) حل کردیم. آنالیزهای کل میتوکندری تا حد زیادی از فیلوژنی های هسته ای پشتیبانی می کنند (یادداشت تکمیلی 14).

با این حال، تجزیه و تحلیل ما یک ترکیب و الگوی شاخه‌بندی جایگزین از گروه‌های فوق‌خانواده را نشان داد، که پشتیبانی قوی برای قرارگیری اصلاح شده Myzopodidae در Vespertilionoidea، با Emballonuroidea به عنوان خواهر آن گروه، ارائه می‌دهد. این نتایج مستلزم ارزیابی مجدد فیلوژنی خفاش مورد توافق فعلی است.

a، میانگین زمان واگرایی از تحلیل‌های بیزی از توالی‌های کدگذاری و محدودیت‌های مبتنی بر فسیل در درخت T2. رابطه خواهری بین ابرخانواده های Emballonuroidea و Vespertilionoidea نیز نشان داده شده است (i). ج، کرتاسه; س، کواترنر. ب، زمان‌های واگرایی بر اساس تاریخ‌گذاری کل شواهد، از جمله فسیل‌ها به‌عنوان نوک در فرآیند تولد-مرگ فسیل‌شده، یا تاریخ‌گذاری نوک، با احتمال پشتیبان پشتیبانی از گره کلیدی و 95٪ فاصله تراکم احتمال بالا سن گره خلفی: (i) قرارگیری ریشه کایروپتران.

(ب) قدیمی‌ترین کلاد خفاش شاخه‌دار، Eochiroptera، از جمله گونه‌های پژواک‌کننده حنجره † Vielasia که با پررنگ برجسته شده است. (iii) کلاد بدون نام شامل خواهر به Eochiroptera بازتعریف شده. (IV) کلاد بدون نام شامل گونه‌های پژواک‌کننده حنجره و قدیمی‌ترین خفاش استنباط‌شده برای تغذیه از گیاهان، † Aegyptonycteris، که با پررنگ مشخص شده است. (v) بی نام و کوچکترین کلاد. (vi) Yinpterochiroptera. (vii) رابطه خواهری بین ابرخانواده‌های Emballonuroidea و Vespertilionoidea، و (viii) Vespertilionoidea، از جمله Myzopodidae.

ما ابتدا ژن‌های کدکننده پروتئین را با استفاده از TOGA 33 برای شناسایی ارتولوگ‌های 1:1 تجزیه و تحلیل کردیم (16750 ژن؛ یادداشت تکمیلی 9). گونه‌های درختان استنباط‌شده تحت چارچوب ادغام ASTRAL (یادداشت تکمیلی 9) و تحلیل‌های الحاق احتمال حداکثری IQ-TREE2 (یادداشت تکمیلی 10) تا حد زیادی روابط فرعی قبلی فیلوژنی اجماع غالب را خلاصه می‌کنند. فیلوژن های حاصل تا سطوح مختلف پشتیبانی گره قوی بودند (یادداشت تکمیلی 10).

آنها یک توپولوژی جایگزین برای قرار دادن خانواده مرموز Myzopodidae (شکل 2 و 3)، خانواده تک ژنریک خفاش های پای مکنده بومی ماداگاسکار ارائه کردند.

قرار دادن این خانواده بسیار دشوار بوده است، مسلما از شاخه طولانی آن ناشی می شود، با مناطق ژنومی مختلف و مجموعه داده هایی که پشتیبانی متناقضی را برای توپولوژی های متعدد ارائه می دهند. اگرچه مطالعات قبلی Myzopodidae را در میان ابرخانواده نوتروپیک Noctilionoidea 17 قرار داده است، تجزیه و تحلیل ادغام شده و به هم پیوسته ژن های کدکننده پروتئین، Myzopodidae را به عنوان اولین شاخه در ابرخانواده پانگلوبی Vespertilionoidea قرار داده است (شکل 2 و 3).

با انگیزه این ناسازگاری ها، ما به طور سیستماتیک قرارگیری های جایگزین Myzopodidae را در Vespertilionoidea، Noctilionoidea و Emballonuroidea یا به عنوان اولین دودمان واگرا در Yangochiroptera ارزیابی کردیم (شکل 3a).

a، فرضیه های جایگزین برای موقعیت فیلوژنتیک Myzopodidae آزمایش شده است. b – g، پشتیبانی از این فرضیه ها در پارتیشن های داده ژنومی مجزا. h، فرضیه های جایگزین برای روابط بین سه ابرخانواده یانگوچیروپتران. Myzopodidae عضوی از ابرخانواده Vespertilionoidea در نظر گرفته می شود. i – n، پشتیبانی مربوطه در پارتیشن های ژنومی یکسان. در پانل‌های b، i، درختان تک جایگاه و گونه‌ای استنباط شده‌اند که از ژن‌های کدکننده پروتئین تحت چارچوب‌های به هم پیوسته و به هم پیوسته استنباط شده‌اند.

در پانل‌های c، j، CASTER پنجره‌های ژنومی خنثی (500 جفت باز یا بیشتر) را که از هم‌ترازی‌های MULTIZ پیش‌بینی شده به انسان (سمت چپ)، Myotis (وسط) و Rhinolophus (راست) مشتق شده‌اند، تجزیه و تحلیل می‌کند. در پانل‌های d، k، CASTER SNP‌های تاریک خنثی استخراج‌شده از مناطق بدون حاشیه‌نویسی برای هم‌ترازی‌های MULTIZ پیش‌بینی‌شده به انسان (سمت چپ)، Myotis (وسط) و Rhinolophus (راست) را تحلیل می‌کند. در پانل‌های e، l، درختان گونه‌های کل ژنوم استنباط‌شده از هم‌ترازی‌های MULTIZ مبتنی بر مرجع (M) و CACTUS (C) بدون مرجع، هر کدام به سه گونه مرجع پیش‌بینی شده‌اند.

در پانل‌های f، m، پنجره‌های کشویی در کروموزوم‌ها یا داربست‌ها تحلیل می‌شوند. نوارها نشان دهنده نسبت پنجره هایی است که از هر توپولوژی برای هر مرجع پشتیبانی می کنند. در پانل های g، n، فیلوژنی در سطح کروموزوم و سطح داربست. مربع ها اتوزوم ها و دایره ها نشان دهنده کروموزوم X هستند. برای ترازهای مبتنی بر انسان، ردیف دوم نشان دهنده SNP های تاریک است. سیلوئت های M. myotis و R. ferrumequinum توسط A.E.M بردار شدند. از تصاویر فیونا رید و A.E.M. سیلوئت اچ.

sapiens با استفاده از PhyloPic (https://phylopic.org) تحت مجوز Creative Commons CC0 1.0 ایجاد شد.