اطلس مولتیوم ایمنی در مقیاس جمعیت مکانیسم های بیماری تنظیمی را نشان می دهد

اکثر گونه های ژنتیکی مرتبط با بیماری در مناطق غیر کد کننده 1، 2 قرار دارند، اما بینش های مکانیکی به دلیل فقدان یک چارچوب تجربی برای توصیف پیامدهای مولکولی تنوع تنظیمی محدود شده است. نگاشت مکان صفت کمی مولکولی تک سلولی (QTL) 3، 4 انواع را به تنظیم ژن متصل می کند، اما فاقد قدرت و اندازه گیری همزمان برای ردیابی مکانیسم ها از کروماتین تا بیان 5 است.

در اینجا ما نشان می‌دهیم که پروفایل‌های همزمان دسترسی کروماتین و بیان ژن در سلول‌های ایمنی در مقیاس جمعیت، معماری‌های تنظیمی را نشان می‌دهد که انواع را به بیماری متصل می‌کند. از روش تک هسته‌ای جفتی برای توالی‌یابی کروماتین قابل دسترسی به ترانسپوزاز (snATAC–seq) و توالی‌یابی RNA تک هسته‌ای (snRNA-seq) تجزیه و تحلیل 10 میلیون سلول تک‌هسته‌ای خون محیطی در 1108 فرد فنلاندی، ما 510، Q29T3,T290, 510, 510, 51,00, 510, 510, 510, 510, 0,30,00,000, 510, 51,00, 0,300, 51,00, 51,00, 51,00, 0,30,10,10,100, 510, 0,300, 510,1000, 5103, 1000, 5100000000000003 شناسایی کردیم. ژن، 338100 QTL دسترسی به سیس کروماتین برای 210584 پیک، 119094 نوع علت احتمالی و 593765 پیوند اوج ژن

. انواعی که آبشارهای کروماتین تا بیان را تکمیل می‌کنند، دو برابر بیشتر از اثرات فقط کروماتین، کولوکالیزاسیون بیماری را نشان می‌دهند، با سنجش‌های گزارشگر موازی انبوه 7 که 10428 QTL مولکولی با نقشه دقیق را تأیید می‌کند. در ژن‌هایی که از نظر تکاملی محدود شده‌اند، بافر تنظیمی چندلایه را شناسایی می‌کنیم، که در آن تغییرات دسترسی کروماتین با اندازه‌های اثر طبیعی اتفاق می‌افتد، اما انتقال به بیان از طریق پیوندهای ضعیف‌تر و متعدد ژن تقویت‌کننده ضعیف‌تر می‌شود. این امر آشتی می دهد که چرا گونه های بیماری ترجیحا ژن های محدود را با وجود کاهش بیان ظاهری QTL 8، 9، 10، 11 هدف قرار می دهند.

تجزیه و تحلیل با استفاده از روش انبوه گزارشگر موازی 7 تأیید می کند که این بافر در پایین دست عنصر تنظیمی عمل می کند، با محدودیتی که در رابط کروماتین به بیان به جای فعالیت ذاتی سیس-تنظیمی عمل می کند. اطلس ما برای بیش از نیمی از انجمن‌های بیماری‌های ایمنی، فرضیه‌های قابل آزمایشی را ارائه می‌کند که با آبشارهای مکان‌های خودایمنی (TICAM1 و RHOH) و انواع غنی‌شده با فنلاند (TNRC18 و IL21R) نشان داده شده‌اند.

این یک پیش نمایش از محتوای اشتراک است که از طریق موسسه شما دسترسی دارد

به Nature و 54 مجله Nature Portfolio دیگر دسترسی داشته باشید

Nature+ را دریافت کنید، بهترین اشتراک دسترسی آنلاین ما

قیمت‌ها ممکن است مشمول مالیات‌های محلی باشد که در هنگام تسویه حساب محاسبه می‌شود

آمار خلاصه پیوند تک هسته‌ای FinnGen caQTL، eQTL، پیک ژن تولید شده در این مطالعه در https://www.finngen.fi/en/access_results و به صورت تعاملی در https://cascade.finngen.fi/ قابل مرور است. آمار خلاصه FinnGen GWAS (R12) در https://r12.finngen.fi/ موجود است. آمار خلاصه GWAS ارزش آزمایشگاهی KANTA در https://labvalues.finngen.fi/ موجود است. نتایج متاآنالیز FinnGen (R12) + MVP + UKBB در https://mvp-ukbb.finngen.fi/ موجود است.

داده‌های سطح فردی، از جمله ماتریس‌های شمارش تک هسته‌ای، در دسترس محققان تایید شده است. FinnGen به عنوان یک پروژه تحقیقاتی، استفاده از داده‌های ملی مراقبت‌های بهداشتی و نمونه‌های زیستی را طبق مقررات ملی (قانون فنلاند در مورد استفاده ثانویه از داده‌های بهداشتی و اجتماعی) و اروپایی (مقررات عمومی حفاظت از داده‌ها) اعطا می‌کند، که پروژه تحقیقاتی را از توزیع داده‌ها در سطح فردی منع می‌کند. کسانی که مایل به کار با داده های سطح فردی هستند می توانند از طریق سه کانال مستقل درخواست دهند. اطلاعات ثبت سلامت از Findata (https://findata.fi/en/) درخواست شده است.

ژنوتیپ در سطح فردی و سایر داده‌های پروفایل تولید شده توسط پروژه از بانک‌های زیستی فنلاند از طریق پورتال Fingenious که توسط تعاونی Biobank فنلاند اداره می‌شود (https://site.fingenious.fi/en/) درخواست می‌شود. Biobank خدمات خون عضو تعاونی Biobank فنلاند نیست، و مواد آن، از جمله داده‌های مولتیوم تک هسته‌ای در سطح فردی تولید شده در این مطالعه، مستقیما از biopankki@bloodservice.fi درخواست شده‌اند.

کاربران دانشگاهی که مایل به همکاری مستقیم با پروژه FinnGen هستند، می توانند فرم درخواست همکاری را در https://www.finngen.fi/en/how-we-collaborate پر کنند. سایر سوالات باید به آدرس finngen-info@helsinki.fi ارسال شود و ظرف 2 هفته پاسخ دریافت کنید. استفاده از داده ها توسط مجوز یا توافق نامه ای که توسط مقام مربوطه در هر مورد اعطا می شود کنترل می شود. تجزیه و تحلیل داده‌های سطح فردی در محیط محاسباتی امن FinnGen توسط یک محقق وابسته به پروژه انجام می‌شود و دسترسی به آن محیط به همکاران خارجی داده نمی‌شود.

آمار خلاصه BBJ GWAS 33، 64 به صورت آنلاین (https://pheweb.jp/) و در پایگاه داده انسانی مرکز ملی علوم زیستی (NBDC) در دسترس است (کد دسترسی: hum0197؛ https://humandbs.dbcls.jp/en/research/hum0197). آمار خلاصه 65 eQTL خون کامل نیروی کار COVID-19 ژاپن به صورت آنلاین (https://japan-omics.jp/) و در پایگاه داده انسانی NBDC (کد دسترسی: hum0343؛ https://humandbs.dbcls.jp/en/research/hum0343) در دسترس است.

علاوه بر این، مجموعه داده های زیر در این مطالعه به دست آمد و مورد تجزیه و تحلیل مجدد قرار گرفت: کاتالوگ eQTL 15 (https://www.ebi.ac.uk/eqtl/). TenK10K 20 ( https://doi.org/10.5281/zenodo.17474112 ) 130 ; SingleBrain 23 ( https://doi.org/10.5281/zenodo.14907598 ) 131 ; اطلس 21 Multi-Omics Immune Chinese ( https://db.cngb.org/trueblood/cima/ )؛ متاآنالیز بیماری آلزایمر GWAS از مرجع. 55، کاتالوگ GWAS (کد دسترسی: GCST90027158؛ https://www.ebi.ac.uk/gwas/studies/GCST90027158); داده های MPRA از مرجع. 7 ( https://doi.org/10.5281/zenodo.15297964 ) 132 .

همه تجزیه و تحلیل‌ها از مجموعه ژنوم انسانی GRCh38 (NCBI: GCA_000001405.15) با داده‌های توالی یابی چندومی تراز شده با مرجع 10x Genomics Cell Ranger ARC GRCh38 (refdata-cellranger-arc-GRCh38-2020-A، https://www.10xgenomics.com/support/software/cell-ranger-arc/downloads). منابع مرجع اضافی عبارتند از GENCODE 121 v.39 (https://www.gencodegenes.org/human/release_39.html)؛ Ensembl Variant Effect Predictor 120 v.105 ( https://ftp.ensembl.org/pub/release-105/ ); gnomAD v.3 محدودیت غیر کدکننده Gnocchi 61 و محدودیت ژن v.4.1 62 ( https://gnomad.broadinstitute.org/download

s)؛ رجیستری ENCODE4 cCREs 38 (https://screen.wenglab.org/downloads).

خطوط لوله پردازش تک سلولی و گردش کار تجزیه و تحلیل ما در GitHub (https://github.com/FINNGEN/singlecell-pipeline) 133 موجود است. کد تولید ارقام در GitHub (https://github.com/mkanai/finngen-multiome-flagship) 134 موجود است. چارچوب CASCADE در GitHub (https://github.com/mkanai/cascade) 135 موجود است. بسته fasthurdle برای محاسبه مدل مانع کارآمد در GitHub (https://github.com/mkanai/fasthurdle) 136 موجود است.

بسته ldcov برای محاسبه کارآمد LD با تنظیم متغیرهای کمکی در GitHub (https://github.com/mkanai/ldcov) 137 موجود است. جریانهای کاری تجزیه و تحلیل استاندارد FinnGen به شرح زیر موجود است: GWAS (https://github.com/FINNGEN/regenie-pipelines) 138؛ ریز نقشه ( https://github.com/FINNGEN/finemapping-pipeline ) 139 ; colocalization ( https://github.com/FINNGEN/coloc.susie.direct ) 140 ; پیش پردازش و کنترل کیفیت KANTA (https://github.com/FINNGEN/kanta_lab_preprocessing) 141.

Maurano، M. T. و همکاران. محلی سازی سیستماتیک تنوع مرتبط با بیماری مشترک در DNA تنظیمی Science 337، 1190-1195 (2012).

کنسرسیوم پروژه ENCODE. یک دایره المعارف یکپارچه از عناصر DNA در ژنوم انسان. Nature 489، 57-74 (2012).

Cuomo، A. S. E.، Nathan، A.، Raychaudhuri، S.، MacArthur، D. G. & Powell، J. E. ژنومیک تک سلولی با ژنتیک انسانی مطابقت دارد. نات کشیش ژنه. 24، 535-549 (2023).

مقاله CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Kang، J. B.، Raveane، A.، Nathan، A.، Soranzo، N. و Raychaudhuri، S. روش‌ها و بینش‌ها از جایگاه‌های صفت کمی بیان تک سلولی. آنو. کشیش جنوم. هوم ژنت 24، 277-303 (2023).

مو، زی و همکاران تأثیر QTL های دسترسی کروماتین مرتبط با بیماری در انواع و زمینه های سلول های ایمنی. ژنوم سلولی 6, 101061 (2026).

کورکی، ام. آی و همکاران. FinnGen بینش های ژنتیکی را از یک جمعیت جدا شده با فنوتیپ خوب ارائه می دهد. Nature 613، 508-518 (2023).

مقاله ADS CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

سراج، ال و همکاران. تشریح عملکردی انواع صفات پیچیده در وضوح تک نوکلئوتیدی طبیعت https://doi.org/10.1038/s41586-026-10121-6 (2026).

Lek, M. et al. تجزیه و تحلیل تنوع ژنتیکی کدکننده پروتئین در 60706 انسان. Nature 536، 285-291 (2016).

مصطفوی، اچ.، اسپنس، جی پی، نقوی، اس و پریچارد، ج. ک. تفاوت های سیستماتیک در کشف اثرات ژنتیکی بر بیان ژن و صفات پیچیده. نات ژنت 55، 1866-1875 (2023).

کانالی، N. J. و همکاران. پیوند گمشده بین ارتباط ژنتیکی و عملکرد تنظیمی eLife 11، e74970 (2022).

Võsa، U. و همکاران. تجزیه و تحلیل‌های cis و trans-eQTL در مقیاس بزرگ، هزاران مکان ژنتیکی و امتیازات چند ژنی را شناسایی می‌کنند که بیان ژن خون را تنظیم می‌کنند. نات ژنت 53، 1300-1310 (2021).

Abdellaoui, A., Yengo, L., Verweij, K. J. H. & Visscher, P. M. 15 سال کشف GWAS: تحقق وعده. هستم جی. هوم. ژنت 110، 179-194 (2023).

Schaid, D. J., Chen, W. & Larson, N. B. از تداعی‌های ژنومی تا گونه‌های علت کاندید با نقشه‌برداری دقیق آماری. نات کشیش ژنه. 19، 491-504 (2018).

کنسرسیوم GTEx اطلس کنسرسیوم GTEx اثرات تنظیمی ژنتیکی در بافت های انسانی. Science 369، 1318-1330 (2020).

Kerimov، N. و همکاران. مجموعه‌ای از بیان ژن انسانی پردازش شده یکنواخت و جایگاه‌های کمی صفت نات ژنت 53، 1290-1299 (2021).

Kumasaka، N.، Knights، A. J. & Gaffney، D. J. QTL های سلولی نقشه برداری دقیق با RASQUAL و ATAC-seq. نات ژنت 48، 206-213 (2016).

طهرانچی، ع و همکاران. نقشه‌برداری دقیق انواع سیس تنظیمی در جمعیت‌های مختلف انسانی. eLife 8 , e39595 (2019).

یازار، اس و همکاران. نقشه برداری eQTL تک سلولی کنترل ژنتیکی نوع خاص سلول بیماری خود ایمنی را شناسایی می کند. Science 376, eabf3041 (2022).

کوک، ک. اچ و همکاران. تنوع آسیایی در سلول های ایمنی انسان سلول 188، 2288-2306 (2025).

کومو، A. S. E. و همکاران. تاثیر تنوع ژنتیکی نادر و رایج بر بیان ژن نوع سلولی در خون انسان پیش چاپ در medRxiv https://doi.org/10.1101/2025.03.20.25324352 (2025).

یین، جی و همکاران. اطلس مولتی اومیکس ایمنی چینی. Science 391, eadt3130 (2026).

ورشنی، ا. و همکاران. نمایه سازی چند امیکی تک هسته ای عضله اسکلتی در مقیاس جمعیت، مقررات ژنتیکی گسترده ای را نشان می دهد. پیش چاپ در bioRxiv https://doi.org/10.1101/2023.12.15.571696 (2024).

جانگ، بی و همکاران متاآنالیز جایگاه های کمی بیان تک هسته ای که خطر ژنتیکی را به اختلالات مغزی مرتبط می کند. نات ژنت 58، 737-747 (2026).

چون، اس و همکاران. شواهد آماری محدود برای اثرات ژنتیکی مشترک eQTLها و جایگاه‌های مرتبط با بیماری خود ایمنی در سه نوع سلول ایمنی اصلی. نات ژنت 49، 600-605 (2017).

Yao, D. W., O'Connor, L. J., Price, A. L. & Gusev, A. کمیت کردن اثرات ژنتیکی بر بیماری با واسطه سطوح بیان ژن سنجش شده. نات ژنت 52، 626-633 (2020).

تنوع دسترسی به کروماتین Jeong, R. & Bulyk, M. L. بینش هایی را در مورد مقررات از دست رفته بیماری های ناشی از سیستم ایمنی ارائه می دهد. eLife 13، RP98289 (2025).

Benaglio، P. و همکاران. نقشه برداری اثرات ژنتیکی بر دسترسی کروماتین نوع خاص سلول و حاشیه نویسی انواع صفات ایمنی پیچیده با استفاده از تک هسته ATAC-seq در خون محیطی. PLoS Genet. 19, e1010759 (2023).

Chen, S., Lake, B. B. & Zhang, K. توالی یابی با توان بالای رونوشت و دسترسی کروماتین در همان سلول. نات بیوتکنول. 37، 1452-1457 (2019).

Sakaue، S. et al. نقشه‌های ژن تقویت‌کننده خاص بافت از داده‌های تک سلولی چندوجهی، آلل‌های بیماری را شناسایی می‌کنند. نات ژنت 56، 615-626 (2024).

میترا، اس و همکاران. مدل‌های رگرسیون چند سلولی تک سلولی تقویت‌کننده‌های عملکردی و مرتبط با بیماری را شناسایی می‌کنند و تجزیه و تحلیل پتانسیل کروماتین را فعال می‌کنند. نات ژنت 56، 627-636 (2024).

لیو، اچ و همکاران. کارت امتیازی ژنتیکی مبتنی بر مولتیوم کلیه، کدگذاری همگرا و انواع تنظیمی را نشان می دهد. Science 387, eadp4753 (2025).

آرتور، تی دی و همکاران نقشه برداری QTL چندومیک پیچیدگی فنوتیپی جایگاه های GWAS را نشان می دهد و انواع علی احتمالی را اولویت بندی می کند. ژنوم سلولی 5, 100775 (2025).

کنایی، ام و همکاران. بینش از نگاشت دقیق صفات پیچیده در میان جمعیت های مختلف. پیش چاپ در medRxiv https://doi.org/10.1101/2021.09.03.21262975 (2021).

تیلور، دی جی و همکاران منابع تنوع بیان ژن در یک گروه انسانی متنوع در سطح جهانی Nature 632، 122-130 (2024).

Honkanen، J. و همکاران. خط لوله بیوبانک اهداکننده خون برای جمع آوری نمونه های مبتنی بر ژنوم برای تحقیق. علمی Rep. 16, 10202 (2026).

هائو، ی و همکاران تجزیه و تحلیل یکپارچه داده های تک سلولی چندوجهی سلول 184، 3573-3587 (2021).

Zhang، Y. و همکاران. تجزیه و تحلیل مبتنی بر مدل ChIP-Seq (MACS). ژنوم بیول. 9، R137 (2008).

مور، جی ای و همکاران یک رجیستری گسترده از عناصر کاندیدا cis-regulatory. طبیعت https://doi.org/10.1038/s41586-025-09909-9 (2026).

ژو، دبلیو و همکاران ابزار ارتباط مدل مخلوط کارآمد و دقیق برای تجزیه و تحلیل eQTL تک سلولی. پیش چاپ در medRxiv https://doi.org/10.1101/2024.05.15.24307317 (2024).

Taylor-Weiner، A. et al. مقیاس‌بندی ژنومیک محاسباتی برای میلیون‌ها نفر با GPU. ژنوم بیول. 20, 228 (2019).

ناگای، A. و همکاران. بررسی اجمالی پروژه BioBank ژاپن: طراحی مطالعه و مشخصات. J. Epidemiol. 27، S2–S8 (2017).

آلسو، ک. و همکاران. اثرات ژنتیکی مشترک بر کروماتین و بیان ژن نشان دهنده نقش پرایمینگ تقویت کننده در پاسخ ایمنی است. نات ژنت 50، 424-431 (2018).

Urbut, S. M., Wang, G., Carbonetto, P. & Stephens, M. روشهای آماری انعطاف پذیر برای تخمین و آزمایش اثرات در مطالعات ژنومی با شرایط چندگانه. نات ژنت 51، 187-195 (2019).

ریو، ام پی و همکاران تجزیه و تحلیل انجمن گسترده ژنوم کم کاری تیروئید خودایمنی سهم خود ایمنی و تیروئید خاص و رابطه معکوس با خطر سرطان را نشان می دهد. نات ژنت 58، 550-559 (2026).

Siggs, O. M., Li, X., Xia, Y. & Beutler, B. ZBTB1 عامل تعیین کننده رشد لنفوئید است. J. Exp. پزشکی 209، 19-27 (2012).

لوکیچ، اس.، نیکلاس، جی.-سی. و لوین، A. J. تنوع ژن‌های انگشت روی در کروموزوم 19 انسان مکانیزم تکاملی برای دفاع در برابر رتروویروس‌های درون‌زای ارثی فراهم می‌کند. مرگ سلولی متفاوت است. 21، 381-387 (2014).

رابرتسون، سی سی و همکاران. نقشه برداری دقیق، تجزیه و تحلیل های فرا اجدادی و ژنومی، انواع علت، سلول ها، ژن ها و اهداف دارویی را برای دیابت نوع 1 شناسایی می کند. نات ژنت 53، 962-971 (2021).

خاویر، بی ام و همکاران. معماری ژنوم خاص دودمان، تقویت‌کننده‌ها و انواع بیماری‌های غیرکدکننده را با هدف قرار دادن محرک‌های ژن پیوند می‌دهد. سلول 167، 1369-1384 (2016).

تاکور، پی آی و همکاران. BACH2 تنوع حالت های کروماتین تنظیمی و پیش التهابی را در سلول های TH17 تنظیم می کند. نات ایمونول. 25، 1395–1410 (2024).

ژو، زی و همکاران ادغام داده های خلاصه از مطالعات GWAS و eQTL اهداف ژنی صفت پیچیده را پیش بینی می کند. نات ژنت 48، 481-487 (2016).

یاماموتو، ام و همکاران. لبه برش: یک آداپتور جدید حاوی دامنه گیرنده Toll/IL-1 که ترجیحا پروموتر IFN-β را در سیگنال دهی گیرنده Toll مانند فعال می کند. J. Immunol. 169، 6668-6672 (2002).

Oshiumi، H.، Matsumoto، M.، Funami، K.، Akazawa، T. & Seya، T. TICAM-1، یک مولکول آداپتوری که در القای اینترفرون بتا با واسطه گیرنده Toll مانند 3 شرکت می کند. نات ایمونول. 4، 161-167 (2003).

یاماموتو، ام و همکاران. نقش آداپتور TRIF در مسیر سیگنال دهی گیرنده تلفن مانند مستقل از MyD88. Science 301, 640-643 (2003).

Gu، Y. و همکاران. RhoH GTPase Zap70 مورد نیاز برای سیگنال دهی گیرنده سلول T و رشد تیموسیت را جذب و فعال می کند. نات ایمونول. 7، 1182-1190 (2006).

بلنگز، سی و همکاران. بینش جدید در مورد علت ژنتیکی بیماری آلزایمر و زوال عقل مرتبط. نات ژنت 54، 412-436 (2022).

Shiratori، I.، Ogasawara، K.، Saito، T.، Lanier، L. L. & Arase، H. فعال سازی سلول های کشنده طبیعی و سلول های دندریتیک بر اساس شناسایی لیگاند جدید شبیه CD99 توسط گیرنده ایمونوگلوبولین مانند جفت نوع 2. J. Exp. پزشکی 199، 525-533 (2004).

ژو، ی و همکاران. زوال عقل زودرس انسان ناشی از کمبود DAP12 نشانه منحصر به فردی از میکروگلیای نامنظم را نشان می دهد. نات ایمونول. 24، 545-557 (2023).

مارتیسکاینن، اچ و همکاران. حذف تک آللی TYROBP یک عامل خطر جدید برای بیماری آلزایمر است. مول. نورودژنر. 20، 50 (2025).

Haure-Mirande، J.-V.، Audrain، M.، Ehrlich، M. E. & Gandy، S. Microglial TYROBP/DAP12 در بیماری آلزایمر: انتقال سیگنال های فیزیولوژیکی و پاتولوژیک در سراسر TREM2. مول. نورودژنر. 17، 55 (2022).

Karczewski، K. J. و همکاران. طیف محدودیت جهشی از تغییرات در 141456 انسان اندازه گیری شد. Nature 581، 434-443 (2020).

چن، اس و همکاران. یک نقشه محدودیت جهش ژنومی با استفاده از تنوع در 76156 ژنوم انسانی. Nature 625، 92-100 (2024).

Guez, J. et al. ادغام 730947 توالی اگزوم با ادبیات بالینی، کشف ژن را بهبود می بخشد. پیش چاپ در medRxiv https://doi.org/10.64898/2026.03.23.26349081 (2026).

لیو، ک. و همکاران. رونویسی و ژنوتیپ حساس عملکرد انواع ژنتیکی را در ایمنی نشان می دهد. پیش چاپ در bioRxiv https://doi.org/10.1101/2025.03.12.642879 (2025).

Sakaue، S. et al. اطلسی متقابل از انجمن های ژنتیکی برای 220 فنوتیپ انسانی. نات ژنت 53، 1415-1424 (2021).

وانگ، Q. S. و همکاران. چشم انداز تنظیم رونویسی خون کامل در 465 نمونه آلوده به کووید-19 از گروه ویژه کووید-19 ژاپن. نات اشتراک. 13, 4830 (2022).

Lechner، M. G. و همکاران. سلول‌های CD8 + T عامل تیروتوکسیک که به‌طور کلونی گسترش یافته‌اند، که توسط IL-21 هدایت می‌شوند، به تیروئیدیت مهارکننده نقطه بازرسی کمک می‌کنند. علمی ترجمه پزشکی 15, eadg0675 (2023).

Wang, X. & Goldstein, D. B. دامنه های تقویت کننده بیماری زایی ژن را پیش بینی می کنند و کشف ژن را در بیماری های پیچیده اطلاع می دهند. هستم جی. هوم. ژنت 106، 215-233 (2020).

زوین، جی و همکاران. کنترل غیرخطی رونویسی از طریق فعل و انفعالات تقویت‌کننده و محرک. Nature 604، 571-577 (2022).

نقوی، س و همکاران. تعدیل دقیق سطوح فاکتور رونویسی ویژگی‌های اساسی حساسیت دوز را مشخص می‌کند. نات ژنت 55، 841-851 (2023).

Osterwalder، M. و همکاران. افزونگی تقویت‌کننده، استحکام فنوتیپی را در رشد پستانداران فراهم می‌کند. Nature 554، 239-243 (2018).

Einarsson، H. و همکاران. توالی و معماری پروموتر تغییرپذیری بیان را تعیین می کند و به گونه های ژنتیکی استحکام می بخشد. eLife 11، e80943 (2022).

Lehner, B. انتخاب برای به حداقل رساندن نویز در سیستم های زنده و پیامدهای آن برای تکامل بیان ژن. مول. سیستم Biol. 4، 170 (2008).

Brümmer, A. & Bergmann, S. تفکیک اثرات ژنتیکی بر تنظیم ژن رونویسی و پس از رونویسی از طریق ادغام QTLهای بیان اگزون و اینترون. نات اشتراک. 15, 3786 (2024).

مقاله ADS PubMed PubMed Central Google Scholar

لوه، P.-R. و همکاران فازبندی مبتنی بر مرجع با استفاده از پانل کنسرسیوم مرجع هاپلوتیپ. نات ژنت 48، 1443-1448 (2016).

Browning, B. L. & Browning, S. R. تعیین ژنوتیپ با میلیون‌ها نمونه مرجع. هستم جی. هوم. ژنت 98، 116-126 (2016).

Voss، E. A. و همکاران. امکان‌سنجی و کاربرد کاربردهای مدل داده‌های رایج در پایگاه‌های اطلاعاتی سلامت مشاهده‌ای چندگانه. J. Am. پزشکی اطلاع رسانی کنید. دانشیار 22، 553-564 (2015).

Zheng, G. X. Y. و همکاران. پروفایل رونویسی دیجیتال موازی انبوه سلول های منفرد. نات اشتراک. 8, 14049 (2017).

فلمینگ، اس جی و همکاران. حذف بدون نظارت نویز سیستماتیک پس زمینه از آزمایشات تک سلولی مبتنی بر قطره با استفاده از CellBender. نات Methods 20, 1323-1335 (2023).

کانگ، اچ ام و همکاران توالی یابی RNA تک سلولی قطره چندگانه با استفاده از تنوع ژنتیکی طبیعی. نات بیوتکنول. 36، 89-94 (2018).

لی، بی و همکاران کومولوس تجزیه و تحلیل داده های مبتنی بر ابر را برای RNA-seq تک سلولی و تک هسته ای در مقیاس بزرگ ارائه می دهد. نات روش‌ها 17، 793-798 (2020).

بیان Clarke، Z. A. & Bader، G. D. MALAT1 کیفیت سلول را در داده های توالی یابی RNA تک سلولی نشان می دهد. پیش چاپ در bioRxiv https://doi.org/10.1101/2024.07.14.603469 (2024).